对于忽必烈统治中央的威胁，还有相当大一部分是来自于蒙古册封的汉人世侯。自成吉思汗开始，蒙古经略中原的时候，采取了“以汉治汉”的策略，招抚和收降了一些汉族官僚和地方武装势力。因此，一些汉人将领就逐步掌握了蒙古统治区的地方政权，且各握重兵，多者五六万，少者也不下两三万。中统二年（1261年）秋，山东地区的汉军万户李澶叛乱。虽然这次叛乱很快就镇压下去了，但此事以后，忽必烈对汉人疑忌心理加重，于是便以此为借口，规定汉人将领不能兼掌兵、民之权。史天泽等汉将为了表示对忽必烈的忠诚，纷纷交出了兵权。忽必烈还通过取消世侯封邑等方式，彻底削除了汉人世侯的势力，使中央集权进一步牢固起来。
忽必烈还十分重视农业，鼓励生产。在他即位之初，就设立了十路宣抚司，并在各路宣抚司挑选通晓农事的人委以官职。次年，又命令姚枢为大司农，在各地设立劝农司，选派官员为劝农使，前往各地劝课农桑，并考察各地农业生产情况。接着忽必烈又发布了官吏升降条例，把各地的人口、收成等方面纳入官员考核的范围，农业生产的好坏作为官员升降的主要标准。另外，他还命人将历代的农学著作汇集成册，编成《农桑辑要》一书，颁行全国，用以指导农业生产。为了保护农业生产，他还颁布了一系列法令，禁止蒙古军队的掠夺、屠杀等破坏农业的行为。这些措施有利于农业生产，使得饱经战乱的中原与江南地区的经济得到了恢复和一定程度上的发展。