然而善良的老百姓再一次一厢情愿了。虽然痛恨魏忠贤阉党的弄权误国，自己却不知不觉也陷入了信用太监从而导致文武官员与太监严重不和的困境，这是崇祯治国的另一令人疑惑和惋惜之处。
带兵打仗本是职业军人的职责和擅事，一支军队应该只有一位最高军事长官，由这位长官直接向朝廷和皇上负责，并有便宜行事的权力，这是最起码的常识。但明代初期就不这么干，为了监视军事长官，每支派出去打仗的部队，往往由皇帝另派一位信得过的太监充任监军。这些太监既不懂军事，更依仗自己是皇帝的亲信而凌驾于将领之上，种种弊端暴露无遗。是故，太监监军制在嘉靖时代一度被废除，但魏忠贤得势后再次恢复。崇祯拨乱反正，监军太监悉数撤除，天下吏民都以为，太监监军的故事在本朝绝不会再有了。但仅仅过了四年，一向对太监没有好感的崇祯竟然恢复了太监监军制，并变本加厉，愈演愈烈。
崇祯再次重用太监，是建立在对文武官员的极端失望和不信任的基础上。他认为太监是自己的身边人，每天都和自己生活在紫禁城中，把他们派出去，如同为自己延伸了耳目。当吏部尚书闵洪学率全体朝官共同上疏反对太监干预军政时，崇祯生气地批评大臣们：“如果你们都能殚心竭力为国效命，朕又何必用那些内臣呢？”
