发现了问题所在，王阳明便立即着手军队的整顿工作，希望能够通过一系列的整顿措施，提升士兵们的战斗力与凝聚力。针对士兵们们纪律性比较差这个问题，他颁布了一则《兵符节制》，用以督促各级将领严抓军纪，加强军事训练。
针对士兵们作战能力差这个问题。王阳明一方面要求各新编军事单位到赣州城内的教场进行军事操练，提高军队的作战能力；一方面又从民间选拔一些身强力壮的百姓子弟组织成为民兵。对他们进行严格的军事训练。
经过一番整顿，军队纪律涣散、没有凝聚力、战斗力差等问题都得到有效解决。特别是那只民兵队伍，被王阳明训练的极为强悍。
军队训练好了，转回头看那些漳州百姓。匪患铲除了，他们过上了安定祥和的日子。但是如何保证能够此地的长治久安呢？怎样才能杜绝土匪再次聚集起来呢？经过一番缜密的思考，王阳明认为，只有在此地设县治理，方可保护当地的百姓长久地幸福下去。正德十二年（1517年）五月，王阳明奏请朝廷于河头大洋坡设立清平县。朝廷的办事效率一向不高，直到正德十三年（1518年）三月，清平县才正式建立。
多年以来，在江西横水、桶冈有两伙土匪，无论对江西还是对湖广，都可谓是心腹之患。他们已经存在很多年了，根深蒂固。没有十足的把握，王阳明不准备与之开战。但是铲除他们，是必须要做的事。究竟该怎么铲除呢？王阳明认为，再凶猛的鸟儿，失去羽翼，便难以再折腾了。