普罗提诺庞杂的唯心主义哲学体系主要由两部分组成，即理论部分和实践部分。其中，理论部分以对“三一原理”的阐发为核心内容。他的“三一原理”并不是凭空产生的，其最初的思想渊源来自于巴门尼德和柏拉图对希腊哲学传统问题的认识。巴门尼德首先把真正意义上的存在同感觉区分开来，柏拉图以此为基础提出了三类东西和三种领域的学说，普罗提诺把这一学说又经过改造成为自己的“三一原理”，即“太一”、“心智”和“灵魂”，三者的关系是由高到低，逐步下降的。
普罗提诺有时也把“太一”直接称为“神”或“善”，是一切理性认识的最终目的，是一切可感世界的终极本原，是唯一真实的存在，因而等同于至善和神。实际上，他在这里所谓的“太一”也就相当于柏拉图的理念和亚里士多德的作为质料因的第一推动者。他认为，从“太一”中最先流出来的是“心智”，是“太一”的第一个孩子，是第二原理。但由于“太一”是永恒的和不动的，所以这种“流出”并不是依靠运动和变化，而毋宁说“心智”是“太一”自身的一个部分，就像太阳和它的光芒那样，是一种“发出”。与“太一”不同的是，“心智”是多样性的开始，它也是永恒的，包括一切精神的存在，其原型是真正的理念中的善。与感觉和感觉的对象之间的关系不同，“心智”和心智活动的对象之间的关系是同一的，但它本身也是被产生出来的，因而不是最单纯的，只能位居“太一”之下。最后，“灵魂”是由心智派生出来的。“灵魂”处于无形的心智世界和有形的可感世界的中间，又分为高级和低级两个层次。“灵魂”内容更加多样，形式极为丰富，是杂多的统一体。正是由于“灵魂”位于心智世界和可感世界之间，所以它具有可知和可感的两重性。在灵魂和肉体的关系上，他认为物质是由灵魂创造出来的，物质没有独立的实在性，灵魂是不朽的和可以转世的。理性是灵魂特有的活动。