此后，在慈禧太后的主持下，为稳定大局采取了一系列措施：
第一，严惩与康有为案有关人员。9月29日，公布了康有为罪行，宣布处死康广仁、杨深秀、谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第等六人，史称“戊戌六君子”。谕旨全文如下：
谕。近因时事多艰，朝廷孜孜图治，力求变法自强，凡所设施，无非为宗社生民之计。朕忧勤宵旰，每且兢兢。乃不意主事康有为首倡邪说，惑世诬民，而宵小之徒群相附和，乘变法之际隐行其乱法之谋，包藏祸心，潜图不轨。前日竟有纠约乱党谋围颐和园、劫制皇太后、陷害朕躬之事。幸经察觉，立破奸谋。又闻该乱党私立保国会，言保中国不保大清。其悖逆情形实堪发指。朕恭奉慈闱，力崇孝治，此中外臣民之所共知。康有为学术乖僻，其平日著述无非离经叛道、非圣无法之言，前因讲求时务，令在总理各国事务衙门章京上行走，旋令赴上海办理官报局，乃竟逗留辇下，构煽阴谋。若非仰赖祖宗默佑，洞烛几先，其事何堪设想？康有为实为叛逆之首，现已在逃，著各省督抚一体严密查拿，极刑惩治。举人梁启超与康有为狼狈为奸，所著文字语多狂谬，著一并严拿惩办。康有为之弟康广仁及御史杨深秀、军机章京谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第等，实系与康有为结党，隐图煽惑。杨锐等每于召见时欺蒙狂悖，密保匪人，实属同恶相济，罪大恶极。前经将各该犯革职拿交刑部讯究，旋有人奏，若稽时日，恐有中变。朕熟思审处，该犯等情节较重，难逃法网，倘语多牵涉，恐致株累，是以未俟复奏，于昨日谕令将该犯等即行正法。此事为非常之变，附和奸党，均已明正典刑。康有为首创逆谋，罪恶贯盈，谅亦难逃显戮。现在罪案已定，允宜宣示天下，俾众咸知。我朝以礼教立国，如康有为之大逆不道，人神所共愤，即为覆载所不容，鹰鹯之逐，人有同心。至被其诱惑甘心附从者，党类尚繁，朝廷亦皆察悉，朕心存宽大，业经明降谕旨，概不深究株连。嗣后大小臣工务当以康有为为炯戒，力扶名教，共济时艰，所有一切自强新政，胥关国计民生，不特已行者亟应实力奉行，即尚未兴办者亦当次第推广，予以挽回积习，渐臻上理，朕实有厚望焉。将此通谕知之。