注释也有两种不同的情况，一是自注，二是他注。他注是注释他人之书，属于历史文献学范畴；自注是作者对其所撰写之书的注释，是史书的体例之一。
自注的开创，始于司马迁。章学诚说：“太史自叙之作，其自注之权舆乎！”[42]他又说：“史家自注之例，或谓始于班氏诸志，其实史迁诸表已有子注矣。”[43]另外，《史记》纪传部分时有“语在某纪”、“语见某传”，也都属于自注性质。后来《汉书·地理志》每述一郡县，则于其名称之下，自注其建置、沿革，然后续书正文，述其户口多寡，辖境大小。而《艺文志》则往往于著录书名之下，自注其撰者姓氏、起讫年代、所述内容、存佚情况等。这一类自注，章学诚称作“大纲细目之规矩”，从内容上看，它是对正文的补充。《通典》自注，在这方面有很高的成就。自注也用以考核史事，司马光的《资治通鉴考异》，察其本意，当是《通鉴》自注。胡三省将《考异》与《通鉴》合为一书，并不违背作者初衷。这类自注，专对史事进行考核，以明其去取之由，对读者十分重要。宋人范冲撰《神宗实录》，别为《考异》五卷，完全仿效司马光撰《资治通鉴考异》的做法。章学诚认为这都是“近代之良法”。自注作为“史学家法”[44]之一，是应当受到重视的。至于刘知幾说的“大抵撰史加注者，或因人成事，或自我作故，记录无限，规检不存，难以成一家之格言、千载之楷则”[45]，虽非全无一点道理，但因此而否认撰史中自注的重要性是不妥当的。