万历二十一年（公元1593年），明朝廷军第一次进西南发起了对杨应龙的征剿。出乎意料的是，这一场战役打得朝廷颜面扫地，杨应龙手下的士兵竟将明军打得惨败，万历虽然不爽，但是朝鲜战场的压力显然更大，实在无暇顾及西南丢掉的面子，最后双方各退一步，杨应龙乖乖接受调查，朝廷革了他宣慰使的职位，但允许他儿子杨朝栋接任，次子杨可栋则必须要抵押在四川替他缴纳一大笔钱以示惩戒，播州原本所辖土地划出一部分归贵州接手，和他一同把朝廷军打得屁滚尿流的随从要交出来听凭发落。
本以为如此结果就能将西南发生的动荡彻底平息，然而，事情却又向诡异的方向转去。杨应龙留在四川缴纳赎金的次子杨可栋，竟然在全额银两还未到位的时候，就突然死在了当地。儿子的死讯犹如晴天霹雳，给杨应龙巨大的震动和打击，悲痛之余他想要立刻领回儿子的遗体安葬，可是与杨可栋之死脱离不了干系的重庆府非但没能给杨应龙一个合理的解释和交代，反而以没有调查清楚、赎金没有缴足的借口一再拖延遗体返还之事，杨应龙被激得大怒，连要重庆府还他儿子命来，才会交剩下的赎款。人死自然无法复生，杨应龙也就自然不会再乖乖听从明朝廷的话，之前商议好的妥协方案就此破裂，杨应龙知道朝廷随时有可能以此为凭据对他进行再一次的征剿，所以自万历二十四年（公元1596年）夏天起，他便彻底开始着手具有反叛性质的自卫大业，招兵买马、排兵布阵的同时，播州一带曾与杨应龙有仇怨的家族、个人，都被悉数屠杀，有钱的大户也被杨应龙肆意劫掠，钱财用来作为战争的准备。