紧接着，斯普鲁恩斯又制定了下一个战役目标——攻占琉璜岛和冲绳岛。然而，尼米兹告诉他，参谋长联席会议已决定收复菲律宾之后将继续进攻台湾。斯普鲁恩斯认为，进攻台湾困难太大，而且距离日本太远，难以产生决定性的影响；攻占琉璜岛和冲绳岛，既可以作为轰炸日本本土的前哨机场，也可以从那里使用战斗机保护从马里亚纳起飞的B-52重型轰炸机，还可以控制东海及日本南部海域。这一建议又被采纳了。美军在攻占了菲律宾之后，决定越过台湾，西取琉璜岛和冲绳岛，决定由斯普鲁恩斯担任战役最高司令官。在斯普鲁恩斯的巧妙指挥下，琉璜岛和冲绳岛这两个日本本土的最后屏障被砸了个粉碎。
从攻占吉尔伯特，到夺取冲绳，美军中太平洋部队航空母舰和两栖兵力的运用达到了空前的水平，充分展示了斯普鲁恩斯的军事指挥才能。从斯普鲁恩斯几次纠正美军参谋长联席会议既定方针的行动中，人们充分认识到了这个冷静、沉着、不善交际的海军战将的智勇双全和卓越的战略观察力和判断力，以及他在战略分析与预测中的过人之处和他在美军的价值所在。尼米兹曾深有感触地说，斯普鲁恩斯是一位“将军中的将军”。