在实验进行中，乡村青年学校面临三大难关，招生不易，留生难和出路问题。按照原实验设计，乡额考选，应依各户口平均分配，以便受训养成的乡村中坚人物回到乡村中服务，但在实际招生中，因为是志愿报考，出现考生乡籍有片面集中趋势，不得已只得一方面降低考生过少的乡村录取标准，一方面酌增考生多的乡村乡额，但依然存在不少缺额乡村。招考进来后，乡村青年学校供给学生膳费及免费书籍，但由于部分青年学生已负有养家责任，“家庭经济的没落，亦足以影响其向学心，甚至使其不得不休学去急谋自己家庭的生活”，更因为传统教育的影响，一般民众“以为子弟上学，必系读书写字，发财升官，决不能在学校里学种田做工扫地煮饭的琐事”，因此对青年学校的课程以及回乡的出路，“学生家庭，频示失望，即在学生本人，更以实验区所昭示彼等之出路为经营农业自食其力之乡村服务者，而非领薪空谈之士大夫阶级，因之亦有对其前途，表示消极失望”。经导师百般解劝，“劝其忍受目前短期的艰难困苦，并导其紧握现实而少为一时的得失，必要时，则给予假期使其回家协助农田工作，过此时期后仍返学校续学”，[130]并召集学生家长谈话会及学生谈话会，对其指示目前民族、社会的演变趋势及青年所负的责任等，种种努力后，第一期学生中依然有三人休学。