母亲、冯保和张居正对他的束缚，无疑在他幼小的心灵上留下了阴影，待其成长到十几岁走向成熟实际还很青涩的阶段，对自主、独立的渴望却达到了前所未有的程度，他的内心强烈地自我暗示，我本是一国之君，可我为什么没有独断的权威。但想归想，被约束惯了的万历还不敢直接顶撞老师甚至母亲，传统圣哲之道的长年教诲熏陶也让他养成温良恭俭让的作风，愤愤不平的同时，只是在忍让守礼的外表下，萌芽了一颗阴暗的种子。这种子伴随了他一辈子，成为他清算他的教育团队，以及后来许多事件错误处理的根源，在他本就老成精明的心中植下更深的沟壑，这颗种子，就是万历不能忽视的严重的性格缺陷：自私、贪婪、散漫。他越表现得大智若愚、不动声色，越有着明白不过的计较，他的精明在那颗阴暗种子的导航下很可能带给他的统治南辕北辙的效果。而万历所谓的精明，仅仅是停留在自私腹黑层面上，于治国理政的大智慧他可是毫无兴趣，他不是一个好的领导者，更不是一个高瞻远瞩的统治者。